Pierwsze uruchomienie witryny o adresie www.ngo.pl miało miejsce na przełomie 2000 i 2001 roku. W ramach programu Towarzystwo Wzajemnej Informacji (wspólnego przedsięwzięcia Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności oraz Stowarzyszenia Klon/Jawor) powstała rozbudowana strona, gromadząca w formie bazy danych informacje o polskich i zagranicznych organizacjach pozarządowych.

Wkrótce na stronie – oprócz informacji dotyczących prawa, księgowości czy nowych technologii – zaczęły pojawiać się aktualności z III sektora. Stało się to dzięki temu, że Stowarzyszenie na rzecz Forum Inicjatyw Pozarządowych zdecydowało się przekazać Stowarzyszeniu Klon/Jawor program Fipress – pozarządowa agencja informacyjna. Początkowo informacje pochodziły głównie z prasówki, opracowywały je dwie osoby, wspomagane pracą wolontariuszy. Publikowano kilka informacji tygodniowo. Obecnie w zespole portalu pracuje 6 osób, a informacje są nadsyłane w 90% przez użytkowników portalu. Codziennie publikujemy około 100 informacji: newsów i ogłoszeń.

Od 2002 roku powiększony zespół redakcji ngo.pl pracował nad nową koncepcją portalu. Efektem tych prac była zmiana systemu informatycznego i wyglądu, która nastąpiła 29 marca 2002 roku.  Portal ngo.pl zmienił swoje oblicze, stając się interaktywnym narzędziem informacyjnym, umożliwiającym prowadzenie dyskusji (poprzez fora dyskusyjne), wypowiedzenie się w sondach oraz dodanie informacji bezpośrednio przez internet (za pomocą opcji dodaj wiadomość lub ogłoszenie). Rozbudowany został serwis wiadomosci.ngo.pl, a w wyniku współpracy z organizacjami pozarządowymi powstało około 30 serwisów tematycznych: poradnikowych (ksiegowosc.ngo.pl, prawo.ngo.pl, pomocspoleczna.ngo.pl, finanse.ngo.pl) lub poświęconych różnym zagadnieniom, istotnym dla III sektora (Unia Europejska, fundusze strukturalne, pożytek publiczny, wolontariat). Ważną i stale rozwijaną częścią portalu są także serwisy regionalne, którymi administrują ośrodki sieci SPLOT. Z portalem ngo.pl została połączona baza danych Stowarzyszenia Klon/Jawor – ogromny – bo zawierający wówczas blisko 80 tys. danych – zbiór informacji o organizacjach i instytucjach. W ramach baz danych funkcjonuje baza organizacji pożytku publicznego, uprawnionych do otrzymywania 1% podatku dochodowego od osób fizycznych..

W grudniu 2003 zaczęliśmy wydawać miesięcznik organizacji pozarządowych „gazeta.ngo.pl” – adresowany do tych, którzy nie korzystają z internetu. Zamieszczamy w nim wybrane artykuły z portalu, zaproszenia i relacje z wydarzeń. Docieramy z nim do blisko 1500 odbiorców. Od 2009 r. "gazeta.ngo.pl" jest dwumiesięcznikiem. Oprócz regularnych wydań "gazeta.ngo.pl" miała także swoje wydania specjalne, poświęcone np. funduszom europejskim czy współpracy z administracją.

We wrześniu 2005 roku, w ramach IV OFIP-u hucznie obchodziliśmy 5-lecie portalu organizacji pozarządowych ngo.pl. Na obchodach spotkało się blisko 800 osób: pracownicy i partnerzy, czytelnicy oraz duże grono sympatyków. Impreza nie miała charakteru oficjalnej gali, a raczej towarzyskiego spotkania przyjaciół i była wspaniałą okazją do poznania się i wspólnej zabawy, a także podsumowania dotychczasowego imponującego dorobku portalu.

W 2005 roku powstał portal ekonomiaspoleczna.ngo.pl jako jeden z rezultatów projektu IW EQUAL "W poszukiwaniu polskiego modelu ekonomii społecznej" realizowanego przez partnerstwo 10 instytucji. W połowie 2008 roku administrowanie portalem zostało przekazane Fundacji Inicjatyw Społeczno-Ekonomicznych (FISE).  

W grudniu 2006, według badania Megapanel (przeprowadzonego przez firmę Gemius) portal ngo.pl znalazł się na 12. miejscu wśród najpopularniejszych w Polsce niekomercyjnych serwisów internetowych.

Pod koniec 2007 roku w portalu został otworzony sklep.ngo.pl, w którym można nabyć publikacje wydawane przez Stowarzyszenie Klon/Jawor (np. broszury 3w*, gazeta.ngo.pl).

2008 rok to czas wytężonej pracy i wielkich zmian w portalu. Uruchomiliśmy serwisy:

• poradnik.ngo.pl - prezentujący dotychczasowe zasoby serwisów prawo.ngo.pl., pozytek.ngo.pl, ksiegowosc.ngo.pl w nowej, bardziej przyjaznej użytkownikom formie interaktywnego poradnika;
• administracja.ngo.pl - serwis dedykowany urzędnikom współpracującym z organizacjami pozarządowymi (m.in. pełnomocnikom ds. współpracy z organizacjami),
• warszawa.ngo.pl - poświęcony warszawskim organizacjom pozarządowym (we współpracy z UM Warszawa),
• rus.ngo.pl - prezentujący polski III sektor partnerom ze Wschodu, ,
• civicpedia.ngo.pl - dotyczący badań nad społeczeństwem obywatelskim (analizy, omówienia, informacje o publikacjach).

W tym roku też nastąpiła zmiana wyglądu portalu oraz udostępnienie do użytku forum.ngo.pl.

W 2009 r. wprowadzono funkcję tzw. "zalogowanego użytkownika" - zmiana ta daje użytkownikom większe możliwości dodawania informacji do serwisu wiadomosci.ngo.pl i samodzielnego ich edytowania. Pojawił się także nowy serwis regionalny - wroclaw.ngo.pl, administrowany przez Regionalne Centrum Wspierania Inicjatyw Pozarządowych (ośrodek sieci SPLOT) oraz serwis poświęcony działaczom pozarządowym - ludziesektora.ngo.pl .

W maju 2010 r. zespół portalu brał aktywny udział w tworzeniu serwisu powodz.ngo.pl - służącego wymianie informacji pomiędzy osobami i instytucjami poszkodowanymi w wyniku powodzi (trzy fale powodziowe w 2010 r. ) a tymi, którzy zaoferowali im swoją pomoc. Jest także narzędziem wspierającym i koordynującym działania organizacji pozarządowych na rzecz powodzian.

Rok 2010 to także czas naszego 10. jubileuszu - wspominamy, podsumowujemy i bawimy się razem z naszymi użytkownikami. Specjalnie z tej okazji został uruchomiony serwis 10.lat.ngo.pl.  

Po tych latach śmiało można powiedzieć, że ngo.pl osiągnął pozycję jedynego liczącego się pozarządowego medium, prezentującego stanowisko III sektora w ważnych kwestiach (takich jak np. 1% a podatnicy liniowi, czy akcje zbierania podpisów pod różnymi listami). Aktywnie włączamy się w kampanię społeczną „1% podatku na rzecz OPP”. Współpracujemy z administracją publiczną, np. przy okazji wyborów do Rady Działalności Pożytku Publicznego czy do komitetów monitorujących i sterujących, co świadczy o tym, że nasza rola jest doceniana przez sektor publiczny.  Rozwijamy również współpracę z mediami, czego przykładem były wspólne akcje z Gazetą Wyborczą („Pozarządówka czeka na ciebie” czy serwis w portalu gazeta.pl, poświęcony pożytkowi publicznemu). Współpracowaliśmy z serwisami bankier.pl czy pracuj.pl, promując III sektor wśród osób, które nie zetknęły się wcześniej z organizacjami pozarządowymi. Publikujemy badania dotyczące III sektora, które są chętnie wykorzystywanym źródłem wiedzy o społeczeństwie obywatelskim przez dziennikarzy, polityków i akademików. Stale rozwijamy współpracę z organizacjami pozarządowymi. Wiele organizacji - zarówno dużych i znanych, jak i małych, lokalnych - korzysta z serwisu wiadomosci.ngo.pl, promując za jego pośrednictwem swoje działania. Rozwinęliśmy usługę patronatów medialnych – rocznie patronatem obejmujemy ponad 60 różnych wydarzeń i inicjatyw. Zasoby informacyjne portalu ngo.pl stały się imponującym archiwum III sektora  – w samym serwisie wiadomosci.ngo.pl (a więc bez ogłoszeń drobnych) znajduje się obecnie około 73 tys. informacji, dokumentujących działania organizacji pozarządowych.