Program operacyjny ma za zadanie przekształcenie ogólnej strategii rozwoju państwa i regionu w "priorytety", "działania" oraz plan finansowy. Priorytety, działania oraz ramy finansowe określają warunki dla finansowania konkretnych projektów, spełniających odpowiednie kryteria. Oznacza to, że program operacyjny musi być skoncentrowany na kilku wybranych elementach strategii rozwoju stanowiących jednakże główne osie koncentracji szans i problemów rozwoju społeczno-gospodarczego. Nie jest możliwe i celowe finansowanie w ramach programu operacyjnego wszystkich typów działań i projektów. Wyboru i hierarchizacji (poprzez np. zapewnienie im odpowiedniego udziału w ogóle środków finansowych przeznaczonych na program) priorytetów dokonuje się w oparciu o analizę aktualnej sytuacji.

Program musi zawierać przede wszystkim :

• priorytety programu, ich spójność z CSF, skwantyfikowane cele oraz ocenę przewidywanego oddziaływania,
• opis działań planowanych dla wdrażania priorytetów,
• plan finansowy wyszczególniający dla każdego priorytetu i roku alokację finansową z poszczególnych funduszy strukturalnych, Europejskiego Banku Inwestycyjnego, innych instrumentów finansowych oraz całkowitą sumę środków publicznych i prywatnych związanych z udziałem każdego z funduszy,
• postanowienia dotyczące wdrażania programu operacyjnego: opis działań związanych z zarządzaniem programem (w tym wskazanie instytucji zarządzającej), opis systemów monitoringu i oceny, określenie zasad transferu środków finansowych, określenie zasad kontroli programu operacyjnego.

Uzupełnienie programu operacyjnego jest dodatkowym dokumentem, który zawiera szczegółowe informacje na temat planowanych działań. Uzupełnienie programu jest przygotowywane przez kraj członkowski lub instytucję zarządzającą i jest przesyłane dla informacji Komisji Europejskiej.

Programy operacyjne:

1. Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego
2. Sektorowy Program Operacyjny Rozwój Zasobów Ludzkich
3. Sektorowy Program Operacyjny Wzrost Konkurencyjności Gospodarki
4. Sektorowy Program Operacyjny Restrukturyzacja i Modernizacja Sektora Żywnościowego i Rozwój Obszarów Wiejskich
5. Sektorowy Program Operacyjny Rybołówstwo i Przetwórstwo Ryb
6. Sektorowy Program Operacyjny Transport
7. Program Operacyjny Pomoc Techniczna